雨水收集系统的净化系统是整个系统的重要组成部分，雨水收集系统主要用于集雨过程中清洗、浇灌、冲厕所等。因此根据不同地区雨水的收集和利用情况，雨水净化的方法也不同。分析雨水收集系统的雨水水质，雨降时，空气中的可溶性气体、溶解的或悬浮的固体、重金属等都会进入雨水中。地面径流中的污染物主要来自地表被雨水冲刷的过程。因此地面沉降是地表径流污染物的主要来源。地面沉降的成分决定地表径流污染的性质。所以雨水的水质会因地点和时间的不同而有所变化。

　　通过对雨水质的分析，认为天然雨水中的污染物主要有SS、COD、硫化物、氮氧化物等，但其浓度相对较低。在雨水收集过程中，对雨水中的悬浮微粒进行简单的过滤处理。还需要考虑抛弃初期污染雨水。特别是旱季过后，初次雨污染严重。起初的毫米雨含有许多污染物，污染严重。因此，起初的雨水必须排掉，不能收集。当降雨过多时排出多余的雨水以避免雨水漫流。从公路和轻轨上收集的雨水中，多含有油类和其他有害物质，这些物质必须经过过滤处理，并且只能用于冲洗厕所。