雨水收集系统中的初期雨水污染最为严重，而雨水收集系统针对初期雨水，除了改变收集方式外，还需要经常保持集雨面的清洁。下雨时雨水冲洗了大气，把空气中的悬浮物带走，所以，城市的雨水含有很多有害物质，如：汽车和工厂排放的二氧化硫、氮氧化物，以及含有这些有害物的垃圾、灰尘等。此外，屋顶等集雨面积上堆放物和附着物也会污染雨水。尤其在干旱期过后的第一次降雨污染较重。初期降雨的第一毫米雨水含污染物最多，污染最严重，即使作为非饮用水也不能使用。所以，初期雨水必须排走，不能收集。

　　在雨水储存罐的容积很大，大量储存雨水的情况下，初期雨水仅是很小的一部分。如果采用自动控制、彻底排除初期雨水的方法，会增加设备的费用，所以有的储存设备不排初期雨水而让它留在雨水储存罐里。可是，对家庭而言，雨水储存罐容积一般都很小，还是要把初期雨水弃掉。雨水冲洗大气，携带和溶解污染物是不可避免的，然而保持集雨面的清洁，避免雨水被进一步污染是可以做到的。由于屋顶暴露在空间，一旦粘上灰尘、烟尘和小动物的粪便则很难清洗，因此应该设法避免这些动物进入屋顶。为了获得尽量清洁的雨水，就不能嫌麻烦，必须经常保持集雨面的清洁。